تأسّس اتحاد جامعات العالم الإسلامي في إطار منظمة العالم الإسلامي للتربية والعلوم والثقافة -إيسيسكو-، بناءً على التوصية الصادرة عن اللجنة الدائمة للتعاون العلمي والتكنولوجي التابعة لمنظمة التعاون الإسلامي. وفي 12/1-11/30 من سنة 1987، عقد في الرباط بالمملكة المغربية، المؤتمر التأسيسي لاتحاد جامعات العالم الإسلامي. وقد نصَّ النظام الأساس للاتحاد وقتذاك، على أن يكون مقرّه الدائم في الإدارة العامة للمنظمة اﻹسلامية للتربية والعلوم والثقافة.
ولاتحاد جامعات العالم الإسلامي شخصيةٌ اعتباريةٌ مستقلة، تتكوَّن من الجامعات في العالم الإسلامي، سواء أكانت هذه الجامعات حكومية، أم جامعات أهلية. وارتباط هذا الاتحاد بالمنظمة هو مما يتفق والأهداف المرسومة للإيسيسكو المنصوص عليها في الميثاق، ذلك أن المنظمة هي الجهازُ الإسلاميُّ الدوليُّ المتخصص في التربية والعلوم والثقافة، فأمور التعليم عموماً على صعيد العالم الإسلامي «تخطيطاً وتنظيرا وتنسيقا»، هي من صميم اختصاصاتها