يتبع مدير المركز مباشرة ويختص المكتب بالمهام الآتية:

• تقديم الاستشارات الشرعية والفتوى، ونشر البحوث والدراسات الفكرية بالجامعة والمجتمع المحيط من الجهات العامة والخاصة والأفراد.
• الإشراف وتذليل الصعوبات التي قد تواجه تنفيذ البحوث والدراسات المجتمعية والبيئية متى طلب منه ذلك.
• تقديم الاستشارات الفعالة بما يتمشى مع اختصاصات الجامعة في مجال الفكر الإسلامي الوسطي، وتوعوية المجتمع وحمايته من خطر انهيار المنظومة الأخلاقية للمجتمع، والتصدي لكل مظاهر العنف وخطابات الكراهية.
• إعداد قاعدة بيانات للموارد البشرية والمادية للجامعة والمركز.
• إعداد التقارير المتعلقة بأعمال المركز.
• الإشراف على إعداد البرامج التنفيذية اللازمة لتطبيق خطط الجامعة في تنمية البيئة.
• متابعة تطبيق البرامج التنفيذية بالتنسيق مع كليات الجامعة ومع المنظمات المستفيدة.