يتبع مدير المركز مباشرة، ويختص مكتب الشؤون الثقافية والعلمية بالمركز القيام بالمهام الآتية:

• رصد ومتابعة الظواهر السلبية، والسلوكيات المنحرفة التي تؤثر على المنظومة الأخلاقية لأبناء المجتمع، وإمكانية معالجتها وفق إمكانيات وقدرات الجامعة والمركز.
• تقديم الاستشارات الفنية التي تسهم في توعوية المجتمع في مجال الفكر الإسلامي الوسطي، وحمايته من خطر انهيار المنظومة الأخلاقية للمجتمع.
• الإشراف على إعداد البرامج التنفيذية اللازمة لتطبيق خطط الجامعة في مجال خدمة المجتمع وحماية البيئة.
• متابعة البحوث والدراسات الفكرية التي تصدرها مؤسسات الجامعة والمجتمع المحيط، من الجهات العامة والخاصة والأفراد، ولها علاقة بخدمة المجتمع والبيئة.
• متابعة تطبيق البرامج التنفيذية بالتنسيق مع مؤسسات الجامعة والمؤسسات المستفيدة في المجتمع المحيط.
• إعداد قاعدة بيانات للبرامج المنجزة في الجامعة والمركز في المجالات الثقافية والعلمية، وخدمة المجتمع.
• إعداد التقارير المتعلقة بأعمال المركز.